Momentan scheint es so, als ob Preupgrade bzw. der Installer für das Upgrade die Grub-Einstellungen nicht aktualisiert (Bugreport).
Wer ebenfalls von diesem Problem betroffen ist, hat nur die Möglichkeit, den noch vorhandenen Fedora 15 Kernel zu booten und entweder einen aktuelleren Fedora 16 Kernel zu installieren oder die Grub-Einstellungen von Hand zu aktualisieren.